För att åstadkomma detta utför myndigheten övervakning och inspektioner med både fartyg och flyg för att bland annat kontrollera fiskeområde, tillstånd, loggböcker, redskap, fångst och förbudsområden.

Kustbevakningens fiskeriövervakning och -kontroll av yrkesfisket planeras och styrs utifrån en nationell tillsynsplan som årligen tas fram i samarbete med Havs- och vattenmyndigheten. Myndigheterna har ett nära samarbete som styrs utifrån en överenskommelse om samverkan. Havs- och vattenmyndigheten har ett övergripande ansvar för all fiskerikontroll i Sverige och även ett särskilt utpekat ansvar för landningskontrollen.

Alla EU-länder ska gemensamt värna om att bevara fiskbestånden och se till att endast tillåten mängd fisk fångas, samtidigt som de ska förvalta fiskeflottorna och upprätthålla en livskraftig fiskerinäring.

Kustbevakningen ansvarar för Sveriges del av de kontrollåtgärder som EU genomför till sjöss och samarbetar med Europeiska fiskerikontrollbyrån (EFCA), framför allt gällande kontrollinsatser inom Joint Deployment Plan (JDP). Kustbevakningen ansvarar också för Sveriges del av den övervakning som Europeiska unionen genomför till sjöss inom det område som regleras av Nordostatlantiska fiskerikommissionen (NEAFC).